Los suelos representan los ecosistemas más complejos de la naturaleza. Su formación se da a escalas de tiempo geológicas (cientos a miles de años) y sustentan a la cuarta parte de la biodiversidad del planeta.
Los suelos que rodean la Laguna de Los Padres se formaron durante los últimos 10000 años, y son considerados entre los más fértiles del mundo debido a su alto contenido de materia orgánica (humus) y nutrientes. Esto ha permitido el desarrollo de la ganadería, la agricultura y la horticultura, generando una marcada degradación de sus propiedades físicas, químicas y biológicas, y en consecuencia, de su productividad.
Debido a que los suelos necesitan cientos a miles de años para su formación, pero sólo unos pocos años para su degradación, son considerados recursos naturales no renovables, y su conservación es una necesidad primaria.

Hace aproximadamente 10000 años, la zona donde se encuentra la Laguna de Los Padres se cubrió de sedimentos que llegaron por transporte eólico (viento) e hídrico (cursos de agua) desde el oeste de nuestro país, y dieron origen al relieve de lomadas característico de la zona. Estos sedimentos, que se denominan loess, constituyen el material a partir del cual se formaron los suelos que hoy observamos en los alrededores de la laguna.
Estos suelos pertenecen a la Serie Mar del Plata 26, donde dominan los Argiudoles típicos en los sectores de lomas loéssicas, Hapludoles thaptoárgicos en las partes llanas y Argiudoles ácuicos en los bajos. Los Argiudoles típicos se distribuyen más ampliamente y son suelos bien estructurados. En ellos se diferencia un horizonte A de alrededor de 30 cm de espesor, de textura franca, estructura granular y elevado contenido de materia orgánica. El horizonte B es de textura franco-arcillosa y estructura prismática, con un espesor de unos 40 cm que pasa gradualmente a un horizonte C que es el material parental de estos suelos (loess).
Por su gran desarrollo y alto contenido de materia orgánica y nutrientes, son considerados uno de los suelos más fértiles del país y del mundo. Debido a esto, son utilizados casi exclusivamente para uso agrícola-ganadero con actividades intensivas y extensivas. En particular, los suelos que rodean el área de la laguna son utilizados para el cultivo hortícola intensivo de zanahoria, repollo, lechuga, zapallo, entre otros, lo que permitió el desarrollo del cinturón hortícola de Mar del Plata, que abastece de esta producción a la ciudad de Mar del Plata y la región. Las actividades extensivas corresponden a cultivos de trigo, avena, lino, maíz, girasol y soja.
La intensificación del uso agro-ganadero y hortícola desde hace más de 50 años ha provocado una marcada degradación de estos suelos. Dicha degradación ha afectado negativamente sus propiedades físicas, disminuyendo la estabilidad estructural y la porosidad total, y aumentando la compactación. Por otro lado, los efectos de la degradación en las propiedades químicas se han observado en la disminución del contenido de materia orgánica y algunos nutrientes como el nitrógeno y el fósforo. También se han detectado modificaciones en las propiedades biológicas debido a la destrucción, fragmentación y la modificación periódica del hábitat por el reemplazo de los hábitats naturales por sistemas agropecuarios. Esto se traduce en una marcada pérdida de biodiversidad, dada por la reducción de la riqueza y abundancia de aves, artrópodos, mamíferos, y organismos del suelo, entre otros.