La Laguna de Los Padres es un cuerpo de agua dulce que, a pesar de estar ubicado dentro de un área de reserva natural, es vulnerable a la contaminación humana. Las distintas actividades antrópicas que se desarrollan en el área circundante a la laguna son las principales causas de deterioro de la calidad del agua y la pérdida de biodiversidad del ecosistema acuático.
La laguna está embebida en el cinturón fruti-hortícola de Mar del Plata, el segundo en importancia en la Argentina. La actividad agrícola extensiva también es significativa en este sector. Ambas actividades hacen un uso intensivo del agua subterránea (agua contenida en los acuíferos) y de agroquímicos que pueden llegar a la laguna, arroyos y al agua subterránea. Adicionalmente, estas actividades agrícolas comparten un territorio complejo con varios asentamientos humanos con diferentes condiciones socioeconómicas, caracterizado principalmente por la falta de red cloacal y acceso al suministro de agua corriente; los hogares suelen tener sus propios pozos o cámaras sépticas y utilizar otros tipos de perforaciones en el hogar para extraer agua. Esto puede ocasionar la descarga directa o indirecta de efluentes domiciliarios a la laguna y al resto de los recursos hídricos de la zona. Por último, las actividades de ocio, recreación y turismo no responsables, pueden generar contaminación por residuos líquidos y sólidos (plásticos, etc).
Es por ello que es importante que exista una adecuada planificación y ordenamiento del territorio por parte del gobierno provincial y local que contemple la actividad productiva y la preservación de los recursos naturales. Además, es importante que seamos visitantes respetuosos de la Reserva, evitando todas las actividades que modifiquen sus características naturales, que amenacen disminuir su diversidad biológica o que de cualquier manera afecten a la flora, fauna o cuerpo de agua.

Las lagunas, junto con otros cuerpos de agua superficiales como lagos y reservorios artificiales, son sistemas dinámicos conectados al ciclo del agua a través de entradas y salidas, tanto superficiales como subterráneas, así como también por flujos de precipitación/evaporación.
Si bien la Laguna de Los Padres recibe superficialmente el aporte de agua del Arroyo de Los Padres (curso afluente), el principal aporte de agua a ésta corresponde al agua subterránea, la cual descarga directamente en el lecho de la laguna e indirectamente a través del Arroyo de Los Padres (que desemboca en la laguna).
Además, debe considerarse una recarga directa a través de la precipitación y por escorrentía superficial a través de cursos intermitentes desde las zonas más altas. La descarga de la laguna se realiza superficialmente a través de su arroyo efluente (curso de agua que nace en la laguna), Arroyo La Tapera, y subterráneamente por la infiltración de agua al acuífero.